이 규정은 증권거래세 신고업무와 과세자료의 수집 및 처리 절차를 체계화하여 이를 실무에 적용하도록 함으로써 업무의 통일성과 효율성 및 과세의 적정성을 도모하는데 목적이 있다.
이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. "주식이동자료"란 「법인세법」 제60조에 따른 법인세의 과세표준신고서에 첨부하는 서류중 같은법 시행규칙 제82조제1항제52호에 규정하는 주식등변동상황명세서에 의하여 주식의 이동 내용을 기재한 자료를 말한다.
2. "장외거래자료"란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항에 규정하는 유가증권시장과 코스닥시장 외에서 매매한 증권의 거래내용을 기재한 자료를 말한다.
3. "신주인수권자료"란 상장법인이 주식을 발행하는 과정에서 「상법」 제416조제6호에 따라 발행한 신주인수권증서의 내용을 기재한 자료를 말한다.
4. "파생자료"란 지방국세청장 또는 세무서장이 법인세조사등 세무조사 과정에서 주식등변동상황명세서와 실제의 주식이동이 다른 사실과 기타 주권 등의 양도사실을 확인한 경우에 그 거래내용을 기재한 자료를 말한다.
증권거래세 신고업무 담당자는 신고서 및 부속서류(이하 "신고서등"이라 한다) 기재사항의 정확성 여부 및 제출서류의 누락여부 등을 검토한다. 특히 다음과 같은 사항에 대해서는 입력오류 방지와 과세근거 확보 등을 위하여 중점 검토하여야 한다.
1. 정확한 인적사항의 기재여부
2. 상호 관련되는 서식간, 항목간의 불일치 및 기재누락 여부
3. 합계란의 정확한 기재여부
4. 기타 오류가 발생하기 쉬운 항목
5. 주권 또는 지분의 매매계약서, 비과세양도명세서 등 첨부서류 누락 여부
신고서 등은 입력담당자별로 다음의 기준에 의하여 책번호와 일련번호를 부여하여 편철한 후 입력하여야 한다.
1. 책번호－각 입력담당자별 999권 이내로 차례로 부여
2. 일련번호－각 책별 999매(납세자 기준) 이내로 차례로 부여
증권거래세 신고서 등을 접수한 담당자는 증권거래세 및 농어촌특별세 과세표준신고서(증권거래세과세표준신고서)와「조세특례제한법 시행령」제115조에 의한 증권거래세 면제신청서를 신고기한 경과후 5일이내에 전산입력 및 오류정정을 완료하여야 한다.
① 세무서장은 신고서 등의 입력작업 중 입력화면상 확인할 수 있는 오류사항(세액계산오류, 주민등록번호 오류, 각종코드 오류 등)은 즉시 오류사유를 확인하고 정확히 입력하여야 한다.
②세무서장은 국세청장이 각 세무서로부터 전송된 신고서 등의 입력파일을 세무서별로 병합하고 오류 유무를 검증한 경우에는 오류사항을 서면조회 후 그 원인을 확인하고 정정입력하여야 하며, 신고서 금액 오류사항은 "신고서오류명세서"를 출력하여 확인후 조사 또는 경정결정등 필요한 조치를 하여야 한다.
① 세무서장은 국세청장(전산정보관리관)이 신고서 등의 입력 오류정정과 사후결의원부의 전산수록 및 처리가 완료되어 전산에 의하여 신고서와 사후결의원부를 비교한 결과에 따라 다음과 같이 불일치자료를 선정한 경우에는 신고납부 불일치명세서를 출력하고 이를 이용하여 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 불일치사유를 규명한다.
1. 과목경정자료
2. 취급청 경정자료
3. 주민등록번호 또는 사업자등록번호 오류자료(납세자번호 오류자료)
4. 무(과소)납부 자료
5. 과다납부자료
②불일치자 자동검증 규명은 다음 각 호와 같이 처리한다.
1. 국세청장(전산정보관리관)은 신고서만 있는 불일치자료와 다른 세목의 사후결의원부만 있는 불일치자료(제1항제1호 과목경정자료)를 전산선정하여 납세자번호와 납부금액이 일치한 경우는 이를 일치가능자료로 선정한다.
2. 세무서장은 제1호의 일치가능자료에 대하여 전산조회하고 사후결의원부가 정당한 것으로 확인되는 때에는 규명된 원인코드를 전산입력하여 일치된 것으로 처리한다.
③불일치자 수동규명은 세무서장이 제2항 이외의 신고납부 불일치자에 대해서 매 건별로 신고서와 사후결의원부를 비교하여 불일치사유를 추가 규명하되 필요한 경우에는 납세자가 소지한 영수증 또는 수납기관 보관용과 직접 비교하여 사유를 규명하고 납부사실이 확인되는 때에는 규명된 원인코드를 전산입력하여 일치된 것으로 처리한다.
④제2항 및 제3항에 따른 불일치자 규명작업은 운영지원과와 협조하여 정확히 처리 하도록 하고 규명작업이 완료되면 부과통보서(사후결의용)를 출력하여 보관한다
<삭 제>
① 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 신고납부 불일치 규명작업이 끝난 후 출력되는 증권거래세 당연경정결의서(Ⅱ)에 기재된 건수·금액 등이 정확한지를 확인한 후 전산결재하여 운영지원과장에게 전산으로 부과통보하여야 한다.
②세무서장은 무·과소납부자 중 출국자 및 신고 후 부도발생자 등 조세채권의 조기확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우는 제1항에도 불구하고 개별 무·과소납부자 경정결의 후 운영지원과장에게 전산으로 부과통보 하여야 한다.
① 국세청장은 신고납부자료의 비교작업이 끝나면 과다납부자 등 환급대상자를 전산에 의하여 일괄 선정하고 환급대상자명단을 생성하여 전산에 수록한다
②세무서장은 환급대상자 명세서를 출력하거나 화면조회하여 환급내용을 확인하고 환급대상자인지 여부 및 금액 등을 검토한 후 환급결정 하도록 한다. 또한, 신고납부 불일치 규명 작업 시 과다납부자로 확인된 경우에도 환급결정결의서(Ⅱ)를 작성하여 환급결정 하도록 한다. 다만, 조사가 필요한 환급인 경우에는 조사후 환급하여야 한다.
③세무서장은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자와 환급금에 대한 권리의 양도 또는 기타의 사유로 인하여 환급금의 지급대상자가 서로 다른 경우에는 정당한 지급대상자를 전산에 수록하여 환급통보서를 작성할 때 착오가 없도록 하여야 한다.
① 국세청장(전산정보관리관)은 각 세무서의 신고서 등 입력현황을 수시 조회하여 작업일정이 지연되지 않도록 확인 감독하고 입력작업이 끝나면 증권거래세 신고실적과 이를 분석한 결과에 따른 각종 자료(이하 "신고실적 등"이라 한다)를 전산에 수록하여 신고와 관련된 보고 및 문서철 등의 출력에 활용토록 한다.
②지방청의 신고분석1과와 세무서 부가가치세(부가소득세·세원관리)과에서는 해당청과 해당서의, 국세청 소비세과에서는 전국 및 각 청별 신고실적 등을 출력하여 업무에 활용한다.
③국세청장 또는 지방국세청장은 다음의 경우에만 신고실적 등을 수동으로 작성하도록 하여 서면으로 제출받을 수 있다. 이 경우에도 국세청장 또는 지방국세청장이 자체 전산시스템에 의하여 조회 확인 가능한 항목은 작성대상에서 제외하여야 한다.
1. 전산에 아직 수록되지 아니한 자료로서 조속한 확인이 필요한 경우
2. 제1호의 전산출력되는 자료외의 신고실적 등으로서 반드시 필요한 경우
① 국세청장(전산정보관리관)은 주식이동파일과 증권거래세 신고사항 및 증권거래세 결의사항을 전산비교하여 증권거래세 불일치 파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여 증권거래세 자료전(별지 제3호 서식)과 증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)를 생성하여 납세지관할세무서장에게, 주식변동자료 오류명세서(별지 제1호 서식)를 출력하여 주식이동법인 관할세무서장 또는 자료입력 관할세무서장에게 각각 시달한다.
②법인납세국장은 재산세국장으로부터 양도소득세신고·결정자료를 전산파일로 요청하여 기존에 발생된 증권거래세자료전, 증권거래세신고·결정 자료와 전산비교하여 불일치파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여 증권거래세 자료전(Ⅱ)(별지 제3-1호)을 생성하여 관할세무서장에 전산으로 시달한다
지방국세청장 및 세무서장이 세무조사과정에서 수집한 조사파생자료는 TIS중앙(웹) 과세자료통합관리에 전산입력하여 해당 세무조사를 종료한 날부터 10일 이내에 해당 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 통보하여야 한다.
① 증권선물위원회의 소재지를 관할하는 지방국세청의 신고분석1과장은 분기마다 장외거래자료를 수집하여 수집한 날부터 10일 이내에 양도자의 납세지를 관할하는 지방국세청의 신고분석1과장에게 통보하여야 한다.
②제1항에 따른 장외거래자료를 수보한 지방국세청의 신고분석1과장은 수보한 날로부터 10일 이내에 양도자의 납세지를 관할하는 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 통보하여야 한다.
③국세청장(전산정보관리관)은 장외거래파일과 증권거래세 신고사항 및 증권거래세 결의사항을 전산비교하여 증권거래세 불일치 파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여 명의변경 자료전(별지 제3호의2 서식)과 명의변경 자료처리부(별지 제4호의2 서식)를 출력하여 납세지관할세무서장에게, 명의변경자료 오류명세서(별지 제1호의2 서식)를 출력하여 주식발행법인 관할세무서장에게 각각 시달한다.
④ ① ~③에도 불구하고 재산세국장이 한국예탁결제원 등에서 수집한 명의변경자료를 수보받아 증권거래세 신고·결정와 자료전산 비교하여 불일치 파일을 구축하고, 구축된 파일에 의하여 명의변경자료전을 생성할 수 있다
① 증권선물위원회의 소재지를 관할하는 지방국세청의 신고분석1과장은 분기마다 유상증자를 실시하는 법인의 명단을 수집하여 수집한 날부터 10일 이내에 해당 법인을 관할하는 지방국세청의 신고분석1과장에게 통보하여야 한다.
②제1항에 따른 법인의 명단을 수보한 지방국세청의 신고분석1과장은 수보한 날부터 10일 이내에 유상증자를 실시하는 법인을 관할하는 세무서장에게 통보하여야 한다.
① 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 수시로 증권거래세 자료전 이송내역을 확인하여 수보결재하고 타서로부터 수보한 증권거래세자료전(Ⅰ)(Ⅱ)(별지 제3호, 제3-1호 서식)과 명의변경 자료전(별지 제3호의2 서식)을 수보 즉시 처리한다.
②제15조에 따른 법인의 명단을 수보한 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 신주인수권자료를 수집하여 증권거래세자료전을 수동작성하고 신주인수권을 교부받은 주주의 납세지별로 구분하여 증권거래세 자료처리부(별지 제4호 서식)에 등재한다.
③타서관할 자료는 해당 자료를 수보한 날부터 20일 이내에 납세지 관할세무서장에게 전산으로 이송처리한다
세무서장은 제13조와 제16조에 따른 수동 및 전산출력 자료에 대하여 처리담당자를 지정(담당자 전산입력)하여 처리토록 한다.
수집한 과세자료는 서면검토한 후 증권거래세 무·과소 신고자에게 해당 납세의무자가 소명할 수 있도록 소명기간을 지정하여 안내문을 발송한다.
① 안내문에 지정한 기한까지 소명하지 아니하거나 소명결과 무·과소 신고자로 확인되는 경우에는 자료처리결정자로 선정하여 전산입력하고 결정(경정)결의서를 전산결의 고지한다. 이 경우 양도가액을 알 수 없거나 신고한 양도가액이 「증권거래세법 시행령」 제4조의 양도가액 평가방법에 의하여 평가한 가액보다 낮은 경우에는 그 양도가액 평가방법에 의하여 계산한 가액으로 해당 세액을 결정한다.
②상장법인 또는 코스닥상장법인의 주주로서 유가증권시장(「자본시장과 금융투자업에 대한 법률」 제9조제13항에 규정하는 시장을 말한다)을 통하여 주권 등을 양도한 사실이 확인된 때에는 증권거래세 자료전 종결처리(NFR1)에 장내거래임을 등재한 후 종결 처리한다.
① 납세의무자의 주소지 이전 등으로 인하여 안내문이 회송된 자료는 그 주소지를 전산 조회하여 전출이 확인되는 경우에는 전출지를 관할하는 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 이송하여야 한다.
②납세의무자의 주소, 성명 등의 불명으로 인하여 주소지를 확인할 수 없는 자료는 해당 자료가 발생한 법인을 관할하는 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 반송하여야 한다.
③제2항에 따라 자료를 반송 받은 세무서의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 해당 자료가 발생한 법인에 조회하여 납세의무자의 주소, 성명, 양도한 주권 등의 수 및 양도가액에 대하여 원래 자료와 다른 내용을 확인하고 이를 정정한 후 증권거래세 납부여부를 확인하여 종결 또는 이송처리 하여야 한다
④전산등록된 과세자료는 이송 반송사항 등 처리결과를 전산 또는 수동으로 관리하여야 한다.
과세자료를 처리할 때에 해당 주권 등이 무상 양도한 것으로 확인되거나 위장분산거래한 것으로 판명된 자료는 증여세 등의 과세자료로 활용하도록 양도자 또는 양수자의 확인을 받아 관할세무서장에게 통보하여야 한다.
① 국세를 주식으로 물납허가한 세무서장은 주식으로 물납한 납세자의 주소지 관할세무서장에게 그 사실을 즉시 통보하여야 한다.
②제1항의 통보를 받은 세무서장은 증권거래세 신고납부여부를 확인하여 증권거래세를 무신고하거나 무납부하였을 경우에는 고지결정하여야 한다.
① 증권거래세 자료전은 다음 각 호와 같이 처리한다.
1. 양도자번호, 양도일자, 양도금액 및 양도 주식수가 모두 같으면 정상처리, 그렇지 않으면 불일치선정한다. 단, 효율적인 자료관리를 위하여 불일치하는 양도금액의 차이를 제한하여 자료를 생성할 수 있다
2. 같은 양도자번호로 주식변동자료와 증권거래세 신고서(병)자료가 여러 건일 경우 양도분기별 양도금액을 합계하여 비교한다.
3. 주식변동자료는 액면가액으로 입력되어 불일치 비교시 불일치가 초래되는 경우가 있으므로 주식변동자료의 액면가액을 양도가액으로 수동평가하여 과세자료로 활용한다.
4. 금융투자업자를 통하여 거래되는 비상장주식에 대하여 금융투자업자가 주식 등 변동상황명세서서식으로 신고가 있을 경우에는 양도 양수인의 변동사항을 수동확인하여 처리한다.
②증권거래세 신고서 자료는 증권거래세 과세표준신고서(병)와 주식등 변동상황명세서, 양도결정자료를 상호 비교하여 신고누락여부를 비교검토 한다.
③주식변동자료 오류명세서(별지 제1호 서식)는 다음 각 호와 같이 처리한다.
1. 양도자 납세자번호, 관할서코드, 양도일자 확인불가능 자료를 주식이동법인 관할세무서로 출력한 자료의 해당 관할세무서장은 오류수정하여 양도자 관할세무서장에게 수동통보하여야 한다.
2. 양도자 납세자번호, 주식이동법인 사업자등록번호 모두 오류발생할 경우 자료입력 세무서로 출력한 자료의 해당 자료입력 관할세무서장은 오류수정후 양도자 관할세무서장에게 수동통보하여야 한다.
④명의변경 자료전은 다음 각 호와 같이 처리한다.
1. 구명의자번호， 변경일자， 양도금액 및 주식수가 모두 같으면 정상으로 처리하고 정상으로 처리된 자료 이외의 자료는 불일치 선정한다. 단, 효율적인 자료관리를 위하여 불일치하는 양도금액의 차이를 제한하여 자료를 생성할 수 있다
2. 같은 구명의자번호로 명의변경자료와 증권거래세과세표준신고서(병) 자료가 여러 건일 경우 양도일자별 양도금액을 합계하여 비교한다.
3. 명의변경자료는 액면가액으로 입력되어 불일치 비교시 불일치가 초래되는 경우가 있으므로 명의변경자료의 액면가액을 양도가액으로 수동평가하여 과세자료로 활용한다.
⑤명의변경자료 오류명세서(별지 제1호의2 서식)는 구명의자 납세자번호, 관할서코드, 명의변경일자 확인불가능 자료를 출력한 주식발행법인 관할세무서장이 출력한 자료의 오류를 수정하여 구명의자 관할세무서장에게 수동 통보하여야 한다.
① 『증권거래세 본점일괄납부 신고서(시행규칙 별지 제1호 서식)』를 접수한 납세자보호담당관은 신고서를 본점 또는 주사무소의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 즉시 인계하여야 한다.
②제1항에 따라 신고서를 인수한 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 본점일괄 납부하려는 달의 전달 20일까지 제출된『증권거래세 본점일괄납부 신고서』의 다음 각호 기재내역과 첨부서류가 적정한지 여부를 확인하고 적정하지 않을 경우 서류보완을 요구한다.
1. 신청인의 법인명, 대표자, 사업자등록번호와 법인등록번호 등 납세의무자 인적사항
2. 지점등의 현황
3. 본점 또는 주사무소 소재지
4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제13조에 따른 금융투자업 인가서
5. 지방세 완납증명서
③부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 본점일괄납부 신고한 자가 증권거래세법 시행령 제1조의3제4항에 따른 다음의 각 호에 해당하는 경우 신고 수리를 거부하고 신고서를 제출한 달의 말일까지 『본점일괄납부 거부 통지』를 한다.
1. 본점일괄납부를 신고한 자가 신고일로 부터 과거2년 이내에 「조세범처벌법」에 따라 처벌받은 경우
2. 본점일괄납부를 신고한 자가 신고일 현재 국세 또는 지방세를 체납하고 있는 경우
3. 그 밖의 사정의 변경으로 인하여 본점일괄납부가 적당하지 아니한 경우
④본점일괄납부가 적정하여 신고를 수리할 경우 전산에 신고서를 입력하고 신고서를 제출한 달의 말일까지『본점일괄납부 대상자 통지서』를 발송한다.
<삭 제>
① 『증권거래세 본점일괄납부 변경신고서(시행규칙 별제 제1의2 서식)』를 접수한 납세자보호담당관은 이를 본점 또는 주사무소의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 인계하여야 한다.
②제1항에 따라『증권거래세 본점일괄납부 변경신고서』를 인수한 담당 부가가치세(부가소득세·세원관리) 과장은 변경사항을 즉시 전산에 입력하여야 한다.
① 『증권거래세 본점일괄납부 포기신고서(시행규칙 별지 제1의3 서식)』를 접수한 납세자보호담당관은 이를 본점 또는 주사무소의 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장에게 인계하여야 한다.
②제1항에 따라 신고서를 인수한 부가가치세(부가소득세·세원관리)과장은 본점일괄 납부를 포기하려는 달의 전달 20일까지 제출된『증권거래세 본점일괄납부 포기신고서(시행규칙 별지 제1의3 서식)』를 전산에 입력하여 본점일괄납부 포기처리 한다.
③제24조에 따른 일괄납부대상자로써 본점에서 일괄하여 납부하고 있는 중에 제24조제3항 각호의 사유가 발생하여 본점일괄납부가 적당하지 아니한 경우 본점일괄납부 대상에서 제외하고 본점(주사무소)에 『본점일괄납부 거부 통지』를 할 수 있다.
<삭 제>
증권거래세 일괄납부신고 또는 변경신고를 한 자는 『본점일괄납부거부통지』를 받지 않은 경우 그 신고한 달의 양도분에 대한 세액부터 일괄하여 본점 또는 주사무소에서 지점 등 사업장이 납부하는 증권거래세를 일괄하여 납부한다.
① 「증권거래세법 시행령」 제1조의3에서 규정하는 일괄납부승인을 받은 사업자의 신고·수정신고 및 경정은 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 지점 등 사업자에 대한 매월분의 증권거래세 과세표준 신고는 「증권거래세법」 제10조에 따라 관할세무서장에게, 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고는 사유가 발생한 지점 등 사업장의 관할세무서장에게 수정신고서를 각각 제출하도록 한다.
2. 제1호에 따른 신고·수정신고에 대하여 본점, 주사무소 관할세무서장에게 일괄납부할 경우에 지점, 영업소별 증권거래세 과세표준 및 납부(환급)세액 신고명세서(별지 제9호 서식)를 제출하도록 한다.
3. 본점, 주사무소 일괄납부승인을 받은 자로써 본점, 주사무소 및 지점 등 사업장의 경정사유가 발생한 경우에는 그 사유가 발생한 관할세무서장이 경정결정·고지하고 그 내용을 본점, 주사무소 관할세무서장에게 통보한다.
②증권거래세 납세의무자가 「부가가치세법」 제4조제3항에 따른 사업자단위 과세사업자인 경우에는 제1항에도 불구하고 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고·납부할 수 있다.
국세청장, 지방국세청장 및 세무서장은 일괄납부와 관련하여 다음 각호의 서류를 비치하고 기록·관리한다.
1. 국세청장, 지방국세청장은 일괄납부승인대장(별지 제10호 서식)을 갖추어두고 기록·관리한다.
2. 일괄납부승인을 받은 본점, 주사무소 관할세무서장은 일괄납부승인대장과 일괄납부관리대장(별지 제11호 서식)을 갖추어 두고 기록·관리한다.
지방국세청장 및 세무서장은 일괄납부업무와 관련하여 다음 사항을 전산관리한다.
1. 일괄납부의 승인(변경승인) 및 철회사실은 지방국세청장(신고분석1과장)이 전산입력하고 일괄납부 기각통지는 그 사유를 구체적으로 밝혀서 수동 작성하여 신청인에게 통지한다.
2. 본점, 주사무소 및 지점 사업장 관할세무서 및 지방국세청과 국세청에서는 일괄납부에 관한 세적사항을 전산조회 등의 방법으로 활용한다.
법 제3조제1호의 납세의무자가 당초 증권거래세 신고한 내용에 따라 납부한 사실이 있어 과오납이 발생한 경우에는 납부할 세액에서 조정하여 차감한 세액을 납부하거나 납부할 세액이 없을 경우 환급한다. 다만, 과오납이 발생한 날의 신고·납부기한 종료일의 다음 날부터 6월이 경과한 때에는 조정 또는 환급하지 아니한다.
제33조에 따라 증권거래세 조정환급이 발생한 때에는 관할세무서장(부가가치세(부가소득세·세원관리)과장)은 증권거래세 과세표준신고서 및 조정환급명세서(규칙 제2조 갑서식 부표)를 확인하고 당초 거래징수한 내용의 적정여부와 조정환급 내용의 타당성 등을 검토하여 부당하게 조정환급하는 일이 없도록 철저히 관리한다.
이 규정은 「훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제248호)에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2016년11월 30일까지 효력을 가진다.
부칙
별표 서식 정보
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